車カスタマイズ
- 1章1日目の特務支援車導入以降、特務支援課ビル裏手のガレージにて車のカスタマイズができるようになります。
- ペイントパターンは各所に置いてある車雑誌から、パーツは中央広場・オーバルストア《ゲンテン》にて購入できます。
ペイントパターン （車雑誌から入手）
| ペイントパターン | 雑誌名 | 入手時期 | 入手法 |
| スカイカラー | 月間カーマニアvol.1 | 1章2日目 | クロスベル市住宅街・ヘイワース宅2Fの本棚 |
| チャームカラー | 導力車フリークvol.1 | 1章2日目 | 鉱山町マインツ内のマインツ鉱山のB1F |
| ノーブルカラー | 導力車貴族 | 2章1日目 | クロスベル市歓楽街・劇団《アルカンシェル》1F衣装部屋 |
| ガードカラー | 行軍・爆走野郎！ | 2章1日目 | タングラム門・食堂のタル上 |
| ポップカラー | 導力車フリークvol.2 | 2章1日目 | アルモリカ村・宿酒場《トネリコ亭》2Fの客室本棚 |
| シャインカラー | 別冊クルマスター | 2章2日目 | 駅前通り・クロスベル駅の椅子の上にある |
| ワイルドカラー | 月間カーマニアvol.2 | 2章3日目 | ＩＢＣ・16F総裁室にある棚上にある（消えたコレクションの捜索の間のみ） |
| クールカラー | 快走マッハ | 2章3日目 | オルキスタワー・1Fロビーのソファーにある |
| ディープカラー | 月間カーマニアvol.3 | 3章2日目 | 誤配荷物の再配達クリア後に住宅玄関脇にある本棚を調べる |
カスタムパーツ （中央広場・オーバルストア《ゲンテン》より購入）
| パーツ名 | 価格 | 購入可能時期 | 効果 |
| HPチャージャー | 100 | 1章1日目の特務支援車導入以降 | 車で休憩できる（HP全回復） |
| EPチャージャー | 1000 | HPチャージャー取付後 | 車で休憩できる（EP全回復） |
| CPチャージャー | 10000 | EPチャージャー取付後 | 車で休憩できる（CP+200） |